Pozbawiwszy Japonię sił zbrojnych, w wyniku dokonanej po roku 1945 demilitaryzacji, Amerykanie stanęli w obliczu konieczności zapewnienia bezpieczeństwa swemu nowemu sojusznikowi, niezdolnemu do samodzielnej obrony swojej suwerenności. W tym celu należało rozciągnąć nad Wyspami Japońskimi „parasol bezpieczeństwa”, tym potrzebniejszy, że sytuacja w regionie stawała się coraz bardziej skomplikowana.

Formalnym zakończeniem wojny z Japonią był traktat pokojowy z San Francisco, który wszedł w życie 28 kwietnia 1952 r. Z punktu widzenia militarnego istotny był jego zapis o prawie Japonii do obrony, zarówno indywidualnej, jak i w ramach sojuszu, po myśli art. 51 Karty Narodów Zjednoczonych.

W dniu 8 września 1951 r. przedstawiciele Japonii i USA podpisali również dwustronny traktat o bezpieczeństwie. Dał on Stanom Zjednoczonym prawo do rozlokowania wojsk lądowych oraz sił powietrznych i morskich na obszarze Japonii i jej wodach terytorialnych, w celu zapewnienia Japonii bezpieczeństwa oraz utrzymania pokoju na Dalekim Wschodzie i na Pacyfiku.

Oba traktaty przeszły do historii jako tzw. system z San Francisco. Zapewnił on Japonii możliwość rozwoju i poczucie bezpieczeństwa w obliczu regionalnych zagrożeń.

Amerykańska ochrona umożliwiła Japonii minimalizację wydatków na obronę i skierowanie wszystkich sił na rozwój gospodarki, co przyniosło spektakularne efekty. Japonia stała się mocarstwem gospodarczym, zmuszonym jednak polegać na amerykańskich gwarancjach bezpieczeństwa. Pomimo rosnącej niechęci Japończyków do obecności wojsk amerykańskich w ich kraju, społeczeństwo japońskie w przewadze akceptowało ten stan rzeczy, a nawet dał się zauważyć wzrost nastrojów pacyfistycznych.

Czołowym orędownikiem rozwijania gospodarki kosztem minimalizacji nakładów na sferę militarną był ówczesny premier Japonii, Yoshida Shigeru. Jego politykę, wyłożoną w opracowanej z jego inicjatywy strategii działania państwa na kolejnych 40 lat, nazwano doktryną Yoshidy. Okazała się ona korzystna dla Japonii, jednak kłopotliwa dla Amerykanów, coraz bardziej zainteresowanych podniesieniem potencjału militarnego swojego sojusznika, chociażby poprzez zwiększenie wydatków na Siły Samoobrony. Yoshida skutecznie te naciski ignorował, powołując się na „pacyfistyczny” artykuł 9 konstytucji, zabraniający Japonii posiadania sił zbrojnych. W okresie urzędowania Yoshidy Japonia przeznaczała na ten cel zaledwie 1 proc. swojego PKB. Z drugiej strony, doktryna potwierdzała status Japonii jako państwa objętego amerykańskimi gwarancjami bezpieczeństwa i utrzymującego na swoim terytorium amerykańskie bazy wojskowe. Usankcjonowano to, zawierając 28 lutego 1952 r. układ regulujący rozmieszczanie wojsk amerykańskich na terytorium Japonii.

Upadek rządu premiera Yoshidy w roku 1954 oznaczał początek okresu ścierania się w japońskiej polityce dwóch obozów: rządowego – konserwatywnego i proamerykańskiego – oraz socjalistycznej opozycji. Ten pierwszy dążył do rewizji traktatu o bezpieczeństwie z 1951 r. oraz wzmocnienia japońskich Sił Samoobrony. W rezultacie, w 1957 r. rząd japoński przyjął plan na lata 1958-1960, przewidujący wzrost ich liczebności do 180 tys. W ślad za tym poszły negocjacje ze stroną amerykańską, trwające od października 1958 do grudnia 1959 r. Ich rezultatem było podpisanie 19 stycznia 1960 r. nowego traktatu o współpracy i bezpieczeństwie między Stanami Zjednoczonymi i Japonią. Do jego najważniejszych postanowień należało podkreślenie, że oba państwa będą starały się rozwiązywać spory międzynarodowe w sposób pokojowy. Traktat zniósł również niektóre zapisy poprzedniego, szczególnie niechętnie przyjmowane przez Japończyków. Wojska amerykańskie stacjonujące w Japonii zostały pozbawione prawa do interwencji w przypadku zaburzeń wewnętrznych, a ponadto usunięto zapis, zgodnie z którym Stany Zjednoczone musiały wydać zgodę na stacjonowanie na terenie Japonii wojsk innych państw.

W latach 70. amerykańsko-japońska współpraca militarna uległa dalszemu zacieśnieniu. W roku 1978 przygotowano wspólne plany na wypadek ataku, jak również procedury logistyczne.

W następnej dekadzie zmieniono doktrynę wojenną w ten sposób, aby wojska amerykańskie mogły interweniować w obronie Japonii już w pierwszej fazie agresji na ten kraj, podczas gdy wcześniej zakładano, iż uczynią to dopiero po pewnym czasie, w trakcie którego Siły Samoobrony będą zdane same na siebie.

Stany Zjednoczone również czerpały i nadal czerpią z tego partnerstwa korzyści. Ze Strategii Bezpieczeństwa Narodowego na rok 2006 oraz Czteroletniego Przeglądu Obronnego z tego samego roku wynika, że strategiczne partnerstwo z Japonią, Koreą Południową oraz Tajwanem i utrzymanie tam baz wojskowych ma kluczowe znaczenie dla potęgi militarnej USA i ich zdolności do globalnej projekcji siły poza macierzyste terytorium.

Na Wyspach Japońskich stacjonuje największy kontyngent sił zbrojnych (ponad 30 tys. żołnierzy) Stanów Zjednoczonych w Azji. Znajduje się tam baza morskich sił ekspedycyjnych oraz baza lotniskowcowej grupy uderzeniowej Pacyfiku.

Opublikowany w roku 2000 Raport Nye-Armitage legł u podstaw polityki prezydenta George’a W. Busha zmierzającej do zacieśnienia współpracy z Tokio. Raport uznał Japonię za globalnego partnera Stanów Zjednoczonych, jako państwo demokratyczne, wyznające te same wartości. Niedługo później, w 2004 r., w Japonii opublikowano raport japońskiej Rady ds. Bezpieczeństwa i Zdolności Obronnych, tzw. Raport Komitetu Araki, oraz Wytyczne dla Programu Obrony Narodowej. W Raporcie Komitetu Araki strategiczny sojusz z USA uznano za „dobro publiczne”. W 2005 r. przedstawiciele obu krajów uzgodnili, na forum Komitetu Konsultacyjnego ds. Bezpieczeństwa, listę wspólnych globalnych i regionalnych interesów, w tym m.in. konieczność pokojowego zjednoczenia obu Korei.

Zmiany dokonane w amerykańsko-japońskim partnerstwie militarnym w roku 2006 miały znaczenie fundamentalne dla dalszej współpracy wojskowej obu krajów. Objęły one, między innymi, wymianę informacji wywiadowczych oraz usprawnienie współpracy przy planowaniu kryzysowym, współpracę przy rozbudowie obrony przeciwrakietowej, wspólne wykorzystywanie obiektów wojskowych, wreszcie relokację sił amerykańskich w Japonii.

Premier Japonii Suga Yoshihide i prezydent-elekt USA Joe Biden zgodzili się w swojej pierwszej rozmowie telefonicznej, 12 listopada 2020 r., na dalsze wzmocnienie sojuszu japońsko-amerykańskiego.

Sojusz ze Stanami Zjednoczonymi pozostał kluczowym elementem japońskiej polityki. Należy jednak mieć na uwadze ambicje Japończyków do prowadzenia własnej gry politycznej i chęć zajęcia na Dalekim Wschodzie pozycji odpowiadającej ich wysokim aspiracjom. Może to w przyszłości skutkować rozbieżnością stanowisk Japonii i USA w kwestiach bezpieczeństwa. Z drugiej strony, zagrożeniem dla stosunków amerykańsko-japońskich może być też pokusa podporządkowania ich przez Amerykanów swoim partykularnym interesom w Azji Wschodniej, bez oglądania się na sojusznika. W stosunkach między obu państwami zachodzą zmiany ewolucyjne, w kierunku uczynienia ich wzajemnych relacji bardziej partnerskimi. Wzmocniony sojusz ma zapewnić Japonii pewność dalszego obowiązywania amerykańskich gwarancji bezpieczeństwa. Z kolei Stany Zjednoczone oczekują od Tokio, aby stało się partnerem zdolnym do udzielania wsparcia w globalnej wojnie przeciwko terroryzmowi. Zaangażowanie wojskowe Amerykanów w innych częściach świata sprawia, że Stany Zjednoczone coraz silniej naciskają na Japonię, by przejęła większą odpowiedzialność za swoje bezpieczeństwo oraz stała się bardziej aktywna na arenie międzynarodowej. Jak się jednak wydaje, Japonia nie zamierza na razie wysyłać Sił Samoobrony do ofensywnego wspierania amerykańskich operacji militarnych.