Powojenna Polska stała się państwem totalitarnym, zdominowanym przez Polską Partię Robotniczą (PPR), która po połączeniu z Polską Partią Socjalistyczną (PPS) w 1948 r. utworzyła Polską Zjednoczoną Partię Robotniczą (PZPR).
Plan stopniowego przejmowania władzy i przekształcania ustroju społecznego według zasad ideologicznych, przy jednoczesnym zwalczaniu opozycji politycznej (zwłaszcza Polskiego Stronnictwa Ludowego) i zbrojnego oporu, zakładał konieczność utrzymania dobrych relacji z Kościołem w początkowej fazie budowy nowego ustroju. Zaowocowało to licznymi decyzjami rządowymi, takimi jak zwrot Kościołowi majątku skonfiskowanego przez Niemców, zezwolenie na wydawanie prasy katolickiej i nauczanie religii w szkołach publicznych (od września 1945 r. jako przedmiotu fakultatywnego) oraz reaktywacja Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego. Zdarzały się doniosłe wydarzenia, jak choćby udział przedstawicieli władzy w procesji Bożego Ciała w Warszawie w 1946 r. Pogrzeby wysokich rangą urzędników odbywały się zazwyczaj w obecności księży.
Głównym zadaniem władz świeckich w stosunku do Kościoła katolickiego była neutralizacja hierarchii kościelnej – episkopatu polskiego – i przekształcenie jej w instytucję podporządkowaną państwu, wzorowaną na Cerkwi prawosławnej. Świadomi wpływowej pozycji Kościoła, komuniści działali z rozwagą i ostrożnością. Nie zapobiegło to jednak pierwszym nieporozumieniom w relacjach państwo-Kościół. W lipcu 1945 r. prymas August Hlond powrócił do kraju z rozległymi uprawnieniami papieskimi. Pozwoliło mu to na zniesienie niemieckiej administracji kościelnej na ziemiach północnych i zachodnich włączonych do Polski i zastąpienie jej polskimi administratorami apostolskimi w pięciu nowych jednostkach, w dużej mierze odpowiadających diecezjom: we Wrocławiu, Gorzowie, Opolu, Gdańsku i na Warmii.
Reakcja rządu była jednak nieoczekiwana. Odmówił on mianowania biskupów do nowych jednostek, mimo że było to sprzeczne z polskimi interesami narodowymi. Zażądał, aby jednostki te były zarządzane przez biskupów mianowanych bezpośrednio przez Rzym. Rozpoczął się spór prestiżowy, prawny i polityczny, ciągnący się przez wiele lat. Władze tolerowały jednak administratorów mianowanych przez prymasa, milcząco pozwalając im na dalsze pełnienie swoich funkcji.
Wkrótce potem, 12 września 1945 r., Tymczasowy Rząd Jedności Narodowej, powołany w czerwcu 1945 r., przyjął rezolucję unieważniającą konkordat zawarty między rządem II Rzeczypospolitej a Stolicą Apostolską w lutym 1925 r. Rząd uzasadniał tę decyzję naruszeniem konkordatu przez Watykan w czasie II wojny światowej. Konkordat stanowił, że żadna część Rzeczypospolitej Polskiej nie będzie podlegać biskupowi, którego siedziba znajdowała się poza granicami państwa polskiego. Tymczasem w 1940 r. papież Pius XII powierzył zarządzanie diecezją chełmińską niemieckiemu biskupowi gdańskiemu Karolowi Marii Splettowi, a innego Niemca, Hilarusza Brettingera, mianował administratorem apostolskim diecezji gnieźnieńsko-poznańskiej.
Komuniści wpadli we własną pułapkę, ponieważ konkordat przyznawał władzom świeckim znaczną władzę i prerogatywy. Pozwalał im ingerować w nominacje kościelne poprzez zatwierdzanie biskupów i zobowiązywanie księży do lojalności i wierności państwu. Gdyby władze utrzymały przedwojenną politykę, sytuacja prawna Kościoła byłaby o wiele bardziej niepewna, a rząd nie musiałby tak często uciekać się do terroru.
Kolejnym punktem spornym w stosunkach z Kościołem był dekret z 25 września 1945 r. Zapoczątkował on proces sekularyzacji, wprowadzając nowe przepisy dotyczące prawa małżeńskiego. Ułatwił procedury rozwodowe i uczynił małżeństwo cywilne obowiązkowym. Szybko jednak okazało się, że większość ludzi zadowala się ślubem kościelnym. Zmiana przepisów była zatem konieczna. W 1947 r. Sejm Ustawodawczy przyjął poprawkę zezwalającą na małżeństwa kościelne po okazaniu zaświadczenia o zawarciu wcześniejszego ślubu cywilnego.
Jednocześnie ograniczano działalność prasy katolickiej i zaostrzono kontrolę nad publikacjami. Cenzura po raz pierwszy uniemożliwiła publikację komunikatu Konferencji Plenarnej Episkopatu, która odbyła się w maju 1947 r. na Jasnej Górze. Na tej konferencji ustalono podstawowe zasady postępowania duchowieństwa w obliczu polityki rządu.
Kościół, choć nie zajął oficjalnego stanowiska w sprawie wyborów do Sejmu Ustawodawczego, nie był jedynie ich biernym obserwatorem. „Orędzie Biskupów Polskich w sprawie wyborów do Sejmu” nie pozostawiało w tej kwestii wątpliwości, stwierdzając jasno, że katolicy mogą głosować tylko na osoby, listy i programy wyborcze, które nie są sprzeczne z nauką i moralnością katolicką.
Do maja 1947 r. komuniści starali się zachować pozory harmonii z Kościołem. Dążenie to zostało w szczególności wzmocnione serią rozmów z Watykanem, w których rząd reprezentował Ksawery Pruszyński, znany publicysta i dyplomata. Okazało się to jednak jedynie pretekstem do starannie przygotowanej i wkrótce mającej się rozpocząć ofensywy antykościelnej. Wczesną jesienią 1947 r. władze komunistyczne rozpoczęły kampanię przeciwko Kościołowi. Prowadziły ją niemal nieprzerwanie aż do 1956 r. Wojna ta toczyła się na dwóch równoległych frontach, a jej represyjny charakter stopniowo narastał. Z jednej strony, komuniści dążyli do przejęcia kontroli nad całym życiem publicznym w kraju i wyeliminowania wpływów Kościoła. Z drugiej, dążyli do infiltracji struktur kościelnych, wykorzystując do tego płatnych agentów spośród duchowieństwa.

22 października 1948 r. zmarł nagle prymas August Hlond. Na łożu śmierci wskazał na swojego następcę biskupa lubelskiego Stefana Wyszyńskiego. Niedługo później papież Pius XII podpisał bullę mianującą Stefana Wyszyńskiego arcybiskupem gnieźnieńsko-warszawskim, a tym samym prymasem Polski.
Zmiana na czele episkopatu zbiegła się z decyzjami podjętymi na „zjednoczeniowym” zjeździe PZPR. Komuniści postanowili toczyć walkę z Kościołem. W tym celu w styczniu 1949 r. w ramach Komitetu Centralnego PZPR powołano specjalną komisję międzyresortową, której zadaniem było opracowanie planu działania. Plan ten przewidywał nie tylko przygotowanie procesów przeciwko księżom, ale także zamknięcie szkół katolickich i Wydziału Filozoficznego Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego, nasilenie ataków na prasę i nałożenie wysokich podatków na majątek kościelny. Głównym architektem tego planu był Stanisław Radkiewicz, minister bezpieczeństwa publicznego.
5 lipca 1949 r. minister finansów wydał rozporządzenie zobowiązujące duchownych do prowadzenia ewidencji podatkowej. Rozporządzenie z 12 lipca, wprowadzone wkrótce potem przez tego samego ministra finansów, nakazywało rejestrację imion, nazwisk i adresów osób dających jałmużnę lub ofiary na rzecz Kościoła.
Powołanie Komisji Wspólnej Rządu i Episkopatu, której oficjalną misją było regulowanie stosunków między państwem a Kościołem, wydawało się być krokiem na drodze do normalizacji, jednak dla „władzy ludowej” stanowiło tylko zasłonę dymną. W ramach przygotowań do pierwszego posiedzenia komisji, 5 sierpnia 1949 r., wdrożono dekret Rady Ministrów o ochronie wolności sumienia i wyznania. Teoretycznie gwarantował on równą ochronę osobom wierzącym i niewierzącym. W praktyce jednak okazał się represyjny i służył przede wszystkim jako pretekst dla służby bezpieczeństwa do badania lojalności księży wobec rządu.
Na zdjęciach:
1. Kościół zniszczony w wyniku działań wojennych.
2. Prymas August Hlond.