Pochodzenie kotów domowych jest niejasne. Jednak badania kopalnego DNA pomagają wypełnić luki, a odkrycia podważają tradycyjną historię.

Archeolodzy sądzili dotąd, że udomowienie kotów nastąpiło około 9500 lat temu na Bliskim Wschodzie, kiedy ludzie zaczęli uprawiać ziemię. Zapasy zboża przyciągały gryzonie, co z kolei wabiło żbiki, a ludzie uznali za przydatne trzymanie ich w pobliżu, co doprowadziło do ostatecznego udomowienia kotów. Najstarszy znany kot w zapisie archeologicznym pochodzi z pochówku na Cyprze z tego właśnie okresu.

Jednak nowa analiza informacji genetycznej pozyskanej ze szczątków szkieletów kotów na stanowiskach archeologicznych w Europie, na Bliskim Wschodzie i w Azji sugeruje, że znane dziś koty domowe mają znacznie późniejsze pochodzenie i nie były pierwszymi kotami żyjącymi obok ludzi. Okazało się bowiem, że kości przypisywane kotom domowym sprzed 10 tys. lat mają te same genomy, co współczesna populacja kotów.

Naukowcy przebadali 87 genomów starożytnych i współczesnych kotów, i ustalili, że kot domowy, który ma naukową nazwę Felis catus, pochodzi z Afryki Północnej, a nie z Lewantu, jak wcześniej sądzono. Jego przodkowie byli blisko spokrewnieni ze żbikiem afrykańskim, czyli Felis lybica lybica.

Z badania wynika, że koty o puli genowej współczesnego kota domowego prawdopodobnie rozprzestrzeniły się po Europie wraz z powstaniem Cesarstwa Rzymskiego około 2000 lat temu.

Z innych badań wiadomo, że do roku 730 kot domowy przybył do Chin, prawdopodobnie podróżując w karawanach handlowych wzdłuż Jedwabnego Szlaku. Przeanalizowano DNA z 22 kości kotowatych odkopanych w Chinach, pochodzących z ostatnich 5000 lat. Naukowcy odkryli też, że wcześniej zupełnie inny gatunek kotów, niezwiązany z kotem domowym lub jego przodkiem, żył obok ludzi co najmniej 5400 lat temu aż do roku 150 n.e. Znany jest jako Prionailurus bengalensis. Jego szczątki znaleziono wcześniej na siedmiu stanowiskach archeologicznych w Chinach.

Prionailurus bengalensis nie został w pełni udomowiony. Ludzie czerpali korzyści z umiejętności łapania myszy przez te dzikie koty, ale prawdopodobnie nigdy nie było żadnej celowej kontroli nad ich populacją.

Nowe odkrycia, które śledzą pochodzenie kota domowego w Afryce Północnej, nie są zaskakujące. Koty odgrywały ważną rolę w ikonografii starożytnego Egiptu. Ściany grobowców przedstawiają koty jako członków rodziny noszących obroże, kolczyki i naszyjniki. Nie jest jednak jasne, czy na ziemi faraonów doszło do całego procesu udomowienia, czy też Egipcjanie po prostu wykorzystali fakt, że koty zostały już wcześniej towarzyszami człowieka w jego gospodarstwie domowym.

Badanie obejmujące całą Europę wykazało, że koty znajdujące się na stanowiskach archeologicznych sprzed 200 roku p.n.e. można było genetycznie zidentyfikować jako żbiki europejskie z gatunku Felis silvestris, a nie koty domowe, mimo że ich szkielety były trudne do odróżnienia. Możliwe więc, że żbiki nadal żyły wśród ludzi, ponieważ kocięta tego gatunku można stosunkowo łatwo oswoić. Prace trwają, a w historii pochodzenia kota domowego wciąż jest wiele luk.